发酵仓反应器堆肥系统在部分封闭或全部封闭的容器内，通过控制通风和水分等条件，使物料进行好氧生物降解转化。按搅拌和通风方式不同，可将其分为被动通风反应器系统、强制通风无搅拌反应器系统、强制通风有搅拌反应器系统和滚筒反应器系统四类 。 1 被动通风反应器系统，利用反应器内外的温度差异产生的风压，通过风力作用使空气进入发酵装置，为堆肥反应供氧 。具有节约能源、节省费用等优点。 2 强制通风无搅拌反应器系统，不对物料进行翻堆和搅拌，靠强制通风为 堆体供氧。系统通常由一个风机、多个发酵罐、一套尾气净化装置组成。在强制通风情况下 通过调整通风量，堆肥物料可以获得充足的氧气 因此反应装置体积大，生产能力强。 3 强制通风有搅拌反应器系统 在强制通风无搅拌反应器系统基础上 加设搅拌装置。在堆肥过程中，搅拌作用可以使物料更为均衡 与空气接触更为充分，降低物料之间温度、湿度和氧浓度的差异反应过程加快。 4 滚筒反应器系统，发酵仓为圆柱形滚筒 滚筒的轴线水平或是与水平方向有一定倾角。在驱动装置带动下滚筒以设定速度绕轴线转动 在滚筒内抄动装置作用下物料被反复抄起、升高、跌落 达到搅拌效果 。 相对开放式堆肥系统发酵仓堆肥系统有很多优点，占地面积少，空间限制少 能有效地控制反应进程，从而达到较好的堆肥效果，尾气收集处理，避免二次污染 不受天气等因素的影响。
现有畜禽粪便发酵罐多为立式，搅拌翅设于搅拌立轴上，搅拌转动阻力大，需要一对液压缸相对称的设于搅拌轴二侧，同步推动搅拌轴中心棘轮使搅拌轴转动，推动功率很大，故液压驱动装置大而笨重，制作、运输、安装很麻烦，搅拌、运转、维修也很麻烦。卧式滚筒发酵罐加料、出料方便。通过摩擦驱动带动滚筒转动耗电功率小。通过滚筒旋转可推动发酵料前移，搅拌充分，出料容易。可连续运转发酵、出料，发酵效率高。